Protekcionistická opatření mají proto pouze krátkodobý účinek. Přitom však oslabují prosazování komparativní výhody a tím i tlak na snižování nákladů výrobců dané ekonomiky. Dlouhodobý účinek protekcionismu na zaměstnanost proto může být opačný – snižováním konkurenceschopnosti klesá export a tím i zaměstnanost.

Alternativním nástrojem zvyšování zaměstnanosti je měnová a fiskální politika. Obchodní protekcionismus jako nástroj k udržení vysoké zaměstnanosti nalezne spíše uplatnění v následujících situacích:
- cla mají odvetný charakter – jde o již zmíněnou reakci na omezení zahraniční poptávky předchozím zavedením dovozních cel v zahraničí
- protidumpingové clo – jde o situaci, kdy zahraniční výrobci nabízejí své statky za ceny nižší než domácí, případně nižší než ve třetí zemi nebo nižší než výrobní náklady včetně přiměřeného zisku